北宋末年，金兵南下，曲阜孔府举家南迁，定居衢州。与北方的曲阜相对，称“南孔”。衢州建有孔庙，称“孔氏南宗家庙”。

衢州孔庙曾经三迁三建，十多次修葺。现址的孔庙为明·武宗正德十五年(公元1520年)所建，位于衢州府城东隅，占地约20亩，基本上是按照山东曲阜孔庙的规模来规划建造。建筑占地面积约13900平方米，分为孔庙、孔府及后花园三部分。